Τα ερευνητικά έργα της Σχολής που χρηματοδοτούνται με εθνικούς πόρους είναι τα ακόλουθα:

• ΕΣΠΑ: «Νομικά ζητήματα από τη χρήση των τεχνολογιών παρακολούθησης και παρατήρησης γης για τη διασφάλιση της περιβαλλοντικής συμμόρφωσης στην ελληνική έννομη τάξη (HELLASNOMOSAT)», Χρηματοδότηση: Ευρωπαϊκή Ένωση και εθνικοί πόροι μέσω του ΕΣΠΑ (OPS MIS 5047355), Επιστημονικός Υπεύθυνος: Ευπραξία-Αίθρα Μαριά (1-2-2020 έως και 31-5-2021)
• ΕΡΕΥΝΩ – ΔΗΜΙΟΥΡΓΩ - ΚΑΙΝΟΤΟΜΩ: «Ανάπτυξη και επίδειξη ολοκληρωμένης διεργασίας για τη παραγωγή ηλεκτρικής ενέργειας από κυψέλες καυσίμου με ενδιάμεση παραγωγή Η2 μέσω αναμόρφωσης του LPG με ατμό» (Τ1ΕΔΚ-02442). Επιστημονικά Υπεύθυνη/Συντονίστρια: Παρασκευή Παναγιωτοπούλου. Χρηματοδότηση: Ευρωπαϊκή Ένωση και εθνικοί πόροι μέσω του Επιχειρησιακού Προγράμματος Ανταγωνιστικότητα, Επιχειρηματικότητα & Καινοτομία (ΕΠΑνΕΚ) (2018-2021).
• Ερευνητικό έργο για την αξιοποίηση του βιοαερίου στον ΧΥΤΑ Πέρα Γαλήνων (Ηράκλειο, Κρήτη), Επιστημονικός Υπεύθυνος: Γκίκας Πέτρος, Χρηματοδότηση: Ενιαίος Σύνδεσμος Διαχείρισης Απορριμμάτων Κρήτης (ΕΣΔΑΚ) (2015-2017)
• Διερεύνηση καινοτόμου διεργασίας διήθησης στραγγιδίων ΧΥΤΑ, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Γκίκας Πέτρος, Χρηματοδότηση: ΠΕΡΤΕΧ Α.Ε. (2015-2017)
• Μετρήσεις αιθαλομίχλης στην πόλη των Χανίων.  Επιστημονικός Υπεύθυνος: Λαζαρίδης Μιχάλης, Χρηματοδότηση: Περιφέρεια Κρήτης, (01/2014-12/2017)
• TRITON EC - Ανάπτυξη νέου συστήματος ηλεκτροχημικής επεξεργασίας μαύρων και φαιόχρωμων υδάτων σε πλοία σύμφωνα με τη απόφαση MEPC 227(64). Επιστημονικός Υπεύθυνος: Διαμαντόπουλος Ευάγγελος, Χρηματοδότηση: Τεχνική Προστασίας Περιβάλλοντος, (03/2014-11/2014)
• ΣΥΝΕΡΓΑΣΙΑ 2011: CAMP-IT: Ανάπτυξη καινοτόμου συστήματος ενεργειακής διαχείρισης των πανεπιστημιουπόλεων, Κολοκοτσά Διονυσία, Χρηματοδότηση: Γενική Γραμματεία Έρευνας και Τεχνολογίας, (10/2013-06/2015)
• Σχέδιο Διαχείρισης του Υδατικού Διαμερίσματος Νήσων Αιγαίου (GR14) με έμφαση στις σημειακές πηγές ρύπανσης, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Γκίκας Πέτρος, Χρηματοδότηση: Ειδική Γραμματεία Υδάτων, Υπουργείο Περιβάλλοντος και Ενέργειας (2013-2015)
• Έρευνα για πιθανή ρύπανση στην περιοχή του ΧΥΤΑ Αμαρίου, εκτίμηση επικινδυνότητας και πρόταση για μέτρα αποκατάστασης, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Γιδαράκος Ευάγγελος, Χρηματοδότηση: Περιφέρεια Κρήτης, (2013-2014)
• "Ενεργειακή αξιοποίηση και επεξεργασία οινικών αποβλήτων", Επιστημονικός Υπεύθυνος: Γεντεκάκης Ιωάννης, Χρηματοδότηση: ΕΣΠΑ 2007-2013, (10/2012-06/2015)
• ΔΕΥΑΒΑ - Διερεύνηση της χημικής ποιότητας της επεξεργασμένης λάσπης (Βιοχώμα) που παράγεται στη ΔΕΥΑΒΑ για χρήση ως εδαφοβελτιωτικό, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Νικολαΐδης Νικόλαος, Χρηματοδότηση: Δημοτική Επιχείρηση Ύδρευσης και Αποχέτευσης Βορείου Άξονα, (07/2012-12/2012)
• Επέκταση του Ειδικού Σχεδίου Διαχείρισης Υδατικών Πόρων της Λεκάνης απορροής του ποταμού Κερίτη, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Νικολαΐδης Νικόλαος, Χρηματοδότηση: Οργανισμός Ανάπτυξης Δυτικής Κρήτης, (05/2012-05/2013)
• Αναλύσεις δειγμάτων υπόγειων υδάτων και στραγγισμάτων ΧΥΤΑ, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Νικολαΐδης Νικόλαος , Χρηματοδότηση: ΕΡΓΑΣΙΣ Τεχνική Ανώνυμος Εταιρία, (04/2012-04/2013)
• #VALUE - Ανάπτυξη ψυχρών υλικών για εξοικονόμηση ενέργειας σε κτήρια, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Κολοκοτσά Διονυσία, Χρηματοδότηση: Επιτροπή Ερευνών ΠΚ, (04/2012-03/2013).
• ARMENOI MONITORING - Μετρήσεις ποιότητας υδάτων και παρακολούθηση λειτουργίας ΕΕΛ Αρμένων, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Καλογεράκης Νικόλαος, Χρηματοδότηση: Δήμος Αποκορώνου, (02/2012-03/2012)
• ΘΑΛΗΣ: "Ανάπτυξη καινοτόμων καταλυτικών συστημάτων μέσω της συνέργιας δομικών και επιφανειακών προωθητών για τον ταυτόχρονο περιορισμό των εκπομπών οξειδίων (ΝΟx) και υποξειδίου (Ν2Ο) του Αζώτου". Επιστημονικός Υπεύθυνος: Γεντεκάκης Ιωάννης, Χρηματοδότηση: Υπουργείο Παιδείας Διά Βίου Μάθησης και Θρησκευμάτων,(01/12- 12/15)
• ΘΑΛΗΣ: CYBERSENSORS - Σύστημα Δειγματοληψίας Ποταμών Υψηλής Συχνότητας για Ολοκληρωμένη Διαχείριση Υδατικών Πόρων (CYBERSENSORS), Επιστημονικός Υπεύθυνος: Νικολαΐδης Νικόλαος, Χρηματοδότηση: Υπουργείο Παιδείας, Δια Βίου Μάθησης και Θρησκευμάτων (ΕΥΔ ΕΠΕΔΒΜ), (01/2012-09/2015)
• Παροχή τεχνικών συμβουλών για τη σύνταξη του Φακέλου επαναχρησιμοποίησης νερού στο Καμάρι Θήρας, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Γκίκας Πέτρος, Χρηματοδότηση: Δημοτική Επιχείρηση Ύδρευσης και Αποχέτευσης Θήρας (ΔΕΥΑΘ), (10/2011-09/2013)
• Aspropyrgos Marine, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Καλογεράκης Νικόλαος, Χρηματοδότηση: Δήμος Ασπρόπυργου, (08/2011-02/2012)
• ΗΡΑΚΛΕΙΤΟΣ: Διερεύνηση της αντισεισμικής επάρκειας σύγχρονων τεχνικών μεθόδων σταθεροποίησης φυσικών εδαφικών πρανών και τεχνητών επιχωμάτων, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Τσομπανάκης Ιωάννης,Χρηματοδότηση ΓΓΕΤ, 2011-2015
• Εμπεριστατωμένη Εκτίμηση των Περιβαλλοντικών Επιπτώσεων για τον Ηλιοθερμικό Ενεργειακό Σταθμό Ισχύος 50mw στην τοποθεσία Ακρωτήρι, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Τσούτσος Θεοχάρης, NATURA POWER ΗΛΙΑΚΗ ΕΝΕΡΓΕΙΑ Α.Ε., (05/2011-05/2012)
• Δειγματοληψία και μικροβιακή ανάλυση στο θαλάσσιο χώρο πλησίον των εγκαταστάσεων της CRETA FARM ΑΒΕΕ -Φάση Γ (CRETA FARM MARINE -C), Επιστημονικός Υπεύθυνος: Καλογεράκης Νικόλαος, ΚΡΕΤΑ ΦΑΡΜ Α.Β.Ε.Ε., (02/2011-12/2012)
• Photocatalytic Degradation of Common antimicrobial compounds, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Μαντζαβίνος Διονύσιος, Χρηματοδότηση: Επιτροπή Ερευνών ΠΚ, (01/2012-12/2012)
• Διερεύνηση της Παρουσίας και της Δραστηριότητας Βακτηρίων που Εμπλέκονται στην Αναερόβια Οξείδωση Αμμωνίας (Anammox) σε Χερσαία Οικοσυστήματα, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Παρανυχιανάκης Νικόλαος, Χρηματοδότηση: Επιτροπή Ερευνών ΠΚ, (01/2012-12/2012)
• Διερεύνηση της Δυνατότητας Επαναχρησιμοποίησης Νερού στη Σκιάθο, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Γκίκας Πέτρος, Χρηματοδότηση: Δημοτική Επιχείρηση Ύδρευσης Αποχέτευσης Σκιάθου (2011-2013).
• Ανάπτυξη Προσομοιωτή Υπόγειων Υδάτων (Αριθμητικό Μοντέλο) του παράκτιου Υδροφορέα Μαλίων, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Καρατζάς Γεώργιος, Χρηματοδότηση: Υδροαιολική Αιγαίου Α.Ε, (11/2011-04/2012)
• Αναερόβια οξείδωση αμμωνίας σε υγρά αστικά απόβλητα, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Γκίκας Πέτρος, Χρηματοδότηση: ΕΛΚΕ Πολυτεχνείο Κρήτης (2011-2012)
• Biofilter - Πειραματική αξιολόγηση βιοφίλτρου για τον έλεγχο οσμών, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Καλογεράκης Νικόλαος, Χρηματοδότηση ΚΡΕΤΑ ΦΑΡΜ Α.Β.Ε.Ε., (12/2010-03/2011)
• Περιορισμός της Υφιστάμενης Ρύπανσης (Ελεύθερης Ελαιώδους Φάσης) Περιμετρικά της Περιοχής της ΠΥΡΚΑΛ, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Γιδαράκος Ευάγγελος, Χρηματοδότηση: Ελληνικά Πετρέλαια Α.Ε., (2010-2016)
• Έρευνα Χωροθέτησης Μαρίνας Κυματικών Συνθηκών Ενετικού Λιμένα Χανίων και Εξέλιξης Ακτογραμμής από την Πύλη της Άμμου μέχρι την Αγ. Κυριακή, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Συνολάκης Κωνσταντίνος, Χρηματοδότηση: Δημοτικό Λιμενικό Ταμείο Χανίων, (11/2010-05/2012)
• Ειδική Μελέτη Χωροθέτησης για την Εγκατάσταση επικίνδυνων Βιομηχανιών και Οχλουσών Δραστηριοτήτων Συμπεριλαμβανομένων και των Εγκαταστάσεων Υγρών Καυσίμων στην Περιφέρεια Κρήτης, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Καλογεράκης Νικόλαος, Περιφέρεια Κρήτης, (09/2010-06/2011)
• Μελέτη χωροθέτησης για την βιώσιμη εγκατάσταση αιολικών πάρκων στην Περιφέρεια Κρήτης, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Τσούτσος Θεοχάρης, Χρηματοδότηση: Περιφέρεια Κρήτης, (09/2010- 09/2011)
• Πρόγραμμα Υποστήριξης Βασικής Έρευνας: Aριθμητική διερεύνηση μεθόδου ελαστικής θεμελίωσης κατασκευών, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Τσομπανάκης Ιωάννης, Χρηματοδότηση κουπονιού καινοτομίας από ΓΓΕΤ, (2010-2011)
• Διερεύνηση της διεργασίας Anammox σε προεπεξεργασμένα αστικά υγρά απόβλητα, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Γκίκας Πέτρος, Χρηματοδότηση: Micromedia Filtration Inc., (12/2009-11/2010)
• Αναγνωριστική Έκθεση Προστασίας Ακτών Νομού Λασιθίου, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Συνολάκης Κωνσταντίνος, Χρηματοδότηση: Νομαρχιακή Αυτοδιοίκηση Λασιθίου, (11/2009-01/2011)
• Διερεύνηση της δυνατότητας επαναχρησιμοποίησης νερού στο Καμάρι Θήρας, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Γκίκας Πέτρος, Χρηματοδότηση: Δημοτική Επιχείρηση Ύδρευσης Αποχέτευσης Θήρας (2009-2011)
• Διερεύνηση της δυνατότητας επαναχρησιμοποίησης νερού στην Παροικία Πάρου, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Γκίκας Πέτρος, Χρηματοδότηση: Δημοτική Επιχείρηση Ύδρευσης Αποχέτευσης Πάρου (2009-2011)
• Διερεύνηση χρήσιμης παροχής γεώτρησης και χωροθέτηση γεωτρήσεων στην περιοχή Αγυιάς για την εξασφάλιση των αρδευτικών της ΔΕΥΑΧ, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Νικολαΐδης Νικόλαος, Χρηματοδότηση: ΔΕΥΑΧ, (11/2009-02/2010)
• Ποιοτικός και ποσοτικός Χαρακτηρισμός Επικίνδυνων και Τοξικών Ουσιών από το Ναυάγιο του SEA DIAMOND - Περιβαλλοντικές επιπτώσεις (παρούσες και μελλοντικές), Επιστημονικός Υπεύθυνος: Γιδαράκος Ευάγγελος, Χρηματοδότηση: Νομαρχιακή Αυτοδιοίκηση Κυκλάδων, (2009-2015)
• Μοντελοποίηση φίλτρων κατακράτησης βαρέων μετάλλων από νερό, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Καλογεράκης Νικόλαος, Χρηματοδότηση: Γενική Γραμματεία Έρευνας και Τεχνολογίας (ΓΓΕΤ), (09/2009-02/2010)
• Εκπόνηση μελέτης ηλεκτρικής τομογραφίας και μοντελοποίησης ροής στην ακτογραμμή Πυρκάλ, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Καλογεράκης Νικόλαος, Χρηματοδότηση: Ελληνικά Πετρέλαια Α.Ε. (08/2009-05/2010)
• Ειδικό σχέδιο Διαχείρισης υδατικών πόρων της λεκάνης απορροής του ποταμού Κερίτη, Χανιά, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Νικολαΐδης Νικόλαος, Χρηματοδότηση: ΟΑΔΥΚ, (08/2009- 04/2010)
• Μελέτη για την εγκατάσταση οχλουσών εγκαταστάσεων και επικίνδυνων δραστηριοτήτων και δεξαμενών αποθήκευσης υγρών καυσίμων στο Ν. Χανίων, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Τσούτσος Θεοχάρης, Χρηματοδότηση: Νομαρχιακή Αυτοδιοίκηση Χανίων, (05/2009-03/2010)
• ΗΡΑΚΛΕΙΤΟΣ ΙΙ: Απομάκρυνση ενδοκρινικών διαταρρακτών από επεξεργασμένα αστικά λύματα και ιλύ, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Διαμαντόπουλος Ευάγγελος, Χρηματοδότηση: Υπουργείο Παιδείας, Δια Βίου Μάθησης και Θρησκευμάτων (ΕΥΔ ΕΠΕΔΒΜ), (04/2009-08/2013)
• ΗΡΑΚΛΕΙΤΟΣ ΙΙ: Ευφυή ολοκληρωμένα περιβαλλοντικά δίκτυα αισθητήρων, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Νικολαΐδης Νικόλαος, Χρηματοδότηση: Υπουργείο Παιδείας, Δια Βίου Μάθησης και Θρησκευμάτων (ΕΥΔ ΕΠΕΔΒΜ), (03/2009-01/2014)
• ΗΡΑΚΛΕΙΤΟΣ ΙΙ: Βιώσιμη επεξεργασία και αξιοποίηση βιομηχανικών και αστικών υγρών αποβλήτων» Επιστημονικός Υπεύθυνος: Μαντζαβίνος Διονύσιος, Χρηματοδότηση: Υπουργείο Παιδείας, Δια Βίου Μάθησης και Θρησκευμάτων (ΕΥΔ ΕΠΕΔΒΜ), (03/2009-08/2013)
• ΗΡΑΚΛΕΙΤΟΣ ΙΙ: Ένα ολοκληρωμένο σύστημα εκτίμησης της επικινδυνότητας και των επιπτώσεων πλημμυρικών φαινομένων, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Καρατζάς Γεώργιος, Χρηματοδότηση: Υπουργείο Παιδείας, Δια Βίου Μάθησης και Θρησκευμάτων (ΕΥΔ ΕΠΕΔΒΜ), (09/2010-08/2013)
• ΗΡΑΚΛΕΙΤΟΣ ΙΙ: Βιοαποδόμηση πετρελαιοειδών σε θαλάσσιο περιβάλλον – χαρακτηρισμός σχηματισμού βιοστιβάδας σε σταγονίδια υδρογονανθράκων», Επιστημονικός Υπεύθυνος: Καλογεράκης Νικόλαος, Χρηματοδότηση: Υπουργείο Παιδείας, Δια Βίου Μάθησης και Θρησκευμάτων (ΕΥΔ ΕΠΕΔΒΜ), (03/2009-08/2013)
• ΗΡΑΚΛΕΙΤΟΣ ΙΙ: Βιοαντιδραστήρες νανομεμβρανών-Νi για την επεξεργασία αστικών και βιομηχανικών λυμάτων, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Καλογεράκης Νικόλαος, Χρηματοδότηση: Υπουργείο Παιδείας, Δια Βίου Μάθησης και Θρησκευμάτων (ΕΥΔ ΕΠΕΔΒΜ), (03/2009-08/2013)
• ΗΡΑΚΛΕΙΤΟΣ ΙΙ: Ανίχνευση και τύχη φαρμακευτικών ενώσεων και προϊόντων προσωπικής φροντίδας στο περιβάλλον, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Ψυλλάκη Ελευθερία, Χρηματοδότηση: Υπουργείο Παιδείας, Δια Βίου Μάθησης και Θρησκευμάτων (ΕΥΔ ΕΠΕΔΒΜ), (03/2009-08/2013)
• Μέτρηση του επιπέδου της εκπεμπόμενης γ-ακτινοβολίας από φυσική ραδιενέργεια σε γρανιτικές πλάκες, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Λαζαρίδης Μιχάλης, Χρηματοδότηση: Κοινοπραξία Πετράκη Κυριακή & Βαονάκη - Γιαννακάκη Μαρία, (03/2009)
• Πρόγραμμα ολοκληρωμένης περιβαλλοντικής παρακολούθησης μονάδας μηχανικής διαλογής κομποστοποίησης και χώρου υγειονομικής ταφής απορριμμάτων στο Ακρωτήρι Χανίων, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Καλογεράκης Νικόλαος, Χρηματοδότηση: ΔΕΔΙΣΑ, (02/2009-01/2010)
• Διαχείριση της γεωργικής γης πρώτης προτεραιότητας, που βρίσκεται σε εκτός ρυμοτομικών σχεδίων και εκτός ορίων οικισμών περιοχές του Ν.Χανίων (κατευθύνσεις, κριτήρια), Επιστημονικός Υπεύθυνος: Καρατζάς Γεώργιος, Χρηματοδότηση: Νομαρχιακή Αυτοδιοίκηση Ν. Χανίων, (02/2009-04/2009)
• Συμβουλευτικές δράσεις στην εταιρεία WATERSAFE AE, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Καλογεράκης Νικόλαος, Χρηματοδότηση: WATERSAFE AE, (01/2009-01/2011)
• Αποξήλωση αμιαντούχων υλικών στο κτίριο ιδιοκτησίας του Δήμου Χανίων επί των οδών Κύπρου-Θεσσαλονίκης και Δωδεκανήσου, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Γιδαράκος Ευάγγελος, Χρηματοδότηση: Δήμος Χανίων, (2009-2010)
• Εκτίμηση της μέσης κατανάλωσης νερού από τα Ελληνικά νοικοκυριά κατά την πρόπλυση ρούχων σε πλυντήρια, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Γκίκας Πέτρος, Χρηματοδότηση: Procter and Gamble Hellas Ltd. (2008-2009)
• Μοντελοποίηση υπόγειας ροής και υδροχημείας της περιοχής των μεταλλείων Μαύρων Πετρών και Μαντέμ Λάκκου, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Νικολαΐδης Νικόλαος, Χρηματοδότηση: Ελληνικός Χρυσός Α.Ε., (12/2008-05/2009)
• Προμελέτη δημιουργίας κεντρικής μονάδας επεξεργασίας υγρών αποβλήτων από πέντε ελαιουργεία στην περιοχή Γέργερη του Δήμου Ρουβά Ν. Ηρακλείου, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Νικολαΐδης Νικόλαος, Χρηματοδότηση: Δήμος Ρουβά Ν. Ηρακλείου, (12/2008-04/2009)
• «Εκπόνηση Μελέτης για τη Διερεύνηση, Αξιολόγηση και Αποκατάσταση Ανεξέλεγκτων Ρυπασμένων Χώρων / Εγκαταστάσεων από Βιομηχανικά και Επικίνδυνα Απόβλητα στην Ελλάδα», Επιστημονικός Υπεύθυνος: Γιδαράκος Ευάγγελος, Χρηματοδότηση: Αναπτυξιακό Πρόγραμμα «Περιβάλλον και Αειφόρος Ανάπτυξη (ΕΠΠΕΡΑΑ)» ΥΠΕΧΩΔΕ, (2008-2009)
• «Παρακολούθηση Υδροφόρου Ορίζοντα / Υπεδάφους ΒΕΑ Ασπροπύργου», Επιστημονικός Υπεύθυνος: Γιδαράκος Ευάγγελος, Χρηματοδότηση: Ελληνικά Πετρέλαια Α.Ε., (2007-2016)